北海道東部根室地區的齒舞漁業協會​於11月1日，在根室半島太平洋沿岸開始潛水捕撈海膽。往年，潛水捕撈海膽於12月上旬開始，但受赤潮災害擴大影響而提前了漁期。

當日早上7點左右，未滿10公噸的兩艘小型漁船從齒舞漁港出港，在根室市內的友知海面上作業。其中，第18海雲丸號在兩小時左右歸港，捕獲到約20公斤的蝦夷馬糞海膽。競價拍賣於11月2日早上舉行。

第18海雲丸號的乘務員稱「在赤潮災害擴大之前，去捕獲了健康的海膽。」同時也表示在海中看見變白的海膽屍骸。

齒舞漁業協會的潛水捕撈海膽船隻有6艘出海，根室半島鄂霍次克海沿海也預定進行捕撈作業。尚未決定作業持續期間。

落石漁業協會也預計於11月20日開始潛水捕撈海膽。於11月4日也進行了第2次潛水調查，確認現在受赤潮影響的災害狀況。